Podle spisu měl varhanář městu Hradec Králové, které dotaci poskytlo Nadačnímu fondu kulturního dědictví českých a moravských varhan, způsobit v roce 2006 škodu 5,4 milionu korun. Svěřené peníze měl použít na „smazání” svých dluhů, dokončení zcela jiného nástroje a na opravu svého domu, který vznikal z bývalé fary.

Druhé největší varhany v Čechách

Celá anabáze případu začala na prahu nového milénia, kdy byl Grygar požádán, aby vyrobil varhany pro rekonstruovanou budovu hradecké filharmonie. Měly být hotové v roce 2006 a celková suma byla vyčíslena na 18 milionů korun. „Kdybych je dodělal, byly by to druhé největší varhany v Čechách. Ty největší jsou v pražském Rudolfinu a mají 57 rejstříků. Hradecké mají mít jen o tři méně,” řekl před soudem Grygar, který měl mít na výrobu varhan 12 milionů z nadačního fondu a zbytek mu uvolnilo město Hradec Králové. Když v roce 2006 odcházely slíbené finanční prostředky z hradecké kasy, bylo to na základě ujištění, že má nadační fond na svém kontě již zbytek požadované částky na zhotovení hudebního nástroje. Ty tam však nebyly. Grygar to u soudu vysvětlil tím, že on sám měl na nadační účet poslat přes čtyři miliony korun, které chtěl získat z vyplacené pojistky, neboť mu v roce 2004 vyhořela jeho dílna. „Pět milionů měl na účet dát i jeden z donátorů, ale ani k jedné takto velké transakci nakonec nedošlo. U mě to bylo dáno tím, že jsem se dlouhé měsíce hádal o peníze s pojišťovnou,” sdělil soudu Grygar, který také tvrdil, že peníze od města použil jen na výrobu varhan s tím, že předpokládal, že má fond peníze zajištěné.”Peníze jsem přebral i proto, že běžela výroba a já ji musel z něčeho financovat,” uvedl varhaník.
V roce 2005 se práce na nástroji pro Hradec zastavily. „Důvodem byl fakt, že se musel zcela překopat můj původní návrh. Přistoupil jsem proto k zastavení prací a začal tvořit nové návrhy varhan. Na nich jsem pracoval až do března roku 2007,” dodal Grygar s tím, že tento koncept poté představil hradeckému magistrátu a začal s novou výrobou. V tu dobu již hradecké radnici došla s Grygarem trpělivost a chtěla peníze vrátit. Ani od Grygara či fondu je však nezískala. Proto radnice podala trestní oznámení a na podzim roku 2008 rozhodla, že varhany pro hradeckou filharmonii vyrobí továrna Rieger – Kloss Varhany, která převezme pohledávku za nadačním fondem.
Nyní stojí v krnovské firmě Rieger – Kloss část nástroje za čtyři miliony korun, na další pokračování stavby se shánějí peníze.
V případě prokázání viny hrozí Grygarovi až dvanáct let odnětí svobody.